Santos, Fátima Raquel Milhano dosTomaz, Cândida Ascensão TeixeiraGaspar, Leonor Isabel Mesquita2018-09-042018-09-042015-11-122015-10-2http://hdl.handle.net/10400.6/6104Over the past few years, there has been an intensification in onset of ocular diseases among worldwide population. The incidence of eye pathologies upsurges with advancing age, leading to a decline of normal eye function and even to blindness. Ocular diseases are frequently triggered by chronic disorders, such as diabetes or hypertension, or by alterations in retinal positioning, which occurs in retinal detachment (RD). Recent studies indicates that human vitreous humor (VH) suffers proteome alterations according to the actual physiological and pathological state of the retina. However, there are few published articles regarding RD proteome. Hence, this study is focused in the proteomic analysis of VH samples in RD and posterior identification of the present proteins in these samples, as well as to understand in what way they are connected and how they act. In this way, we can get access to the VH proteome in RD patients, which is our main goal. To achieve these goals, several strategies were combined, including high abundant proteins depletion, protein fractionation and analysis by mass spectrometry (MS), in order to maximize the number of identified proteins. The final optimized strategy combined protein fractionation using liquid chromatography (LC), SDS-PAGE, and protein identification by MALDI-TOF/TOF. Using this methodology, we found 236 proteins with a 95% confidence, using ProteinPilot, where 46 proteins share common biological associations, with a minimum score of 0.900 according to STRING10. The majority of these 46 proteins are involved in regulation processes and share binding functions. Simultaneously, the same VH group sample was analyzed by LC and MALDI-TOF/TOF, in order to understand the importance of the implementation of SDS-PAGE in the process. Thus, we verified that with LC-MALDI only 110 proteins were identified. In conclusion, the developed strategy allowed to find proteins which were not identified using other proteomic strategies.Nos últimos anos, tem-se verificado um grande incremento de doenças oculares na população mundial. A incidência destas patologias surge com a progressão da idade, levando a um declínio da função ocular normal e, em alguns casos, podendo levar à cegueira. As patologias oculares são frequentemente desencadeadas por doenças crónicas, tais como diabetes ou hipertensão, ou por alterações no posicionamento da retina, o que ocorre no descolamento de retina (DR). Estudos recentes indicam que o humor vítreo (HV) humano sofre alterações proteómicas, de acordo com o estado fisiológico e patológico da retina. No entanto, existem poucos estudos publicados sobre o proteoma do HV no DR. Assim, este estudo centra-se essencialmente na análise proteómica de amostras de HV em DR, e posterior identificação das proteínas presentes nestas amostras, de que forma estão interligadas e como atuam. Desta forma, pode ter-se acesso ao proteoma do HV em doentes com descolamento de retina, que é o principal objetivo deste trabalho. Para atingir estes objetivos, diversas estratégias foram combinadas, incluindo a depleção de proteínas abundantes, fracionamento e análise de proteínas por espectrometria de massa (MS), a fim de maximizar o número de proteínas identificadas. A estratégia final otimizada combinou o fracionamento de proteínas por cromatografia líquida (LC) e SDS-PAGE e a identificação das proteínas por MALDI-TOF/TOF. Usando esta metodologia, foram identificadas 236 proteínas com uma confiança de 95%, usando o ProteinPilot, onde 46 proteínas partilham associações biológicas comuns, com um score mínimo de 0.900 de acordo com o STRING10. A maioria dessas 46 proteínas estão envolvidas em processos de regulação e têm funções de ligação. Em simultâneo, analisou-se o mesmo grupo de amostras através de LC e MALDI-TOF/TOF, de forma a compreender a importância da implementação de SDS-PAGE no processo. Verificou-se que através de LC-MALDI, apenas 110 proteínas foram identificadas. Em conclusão, a estratégia desenvolvida (LC-SDS-MALDI) permitiu encontrar proteínas que não tinham sido anteriormente identificadas usando outras estratégias proteómicas.engAnálise ProteómicaDescolamento da RetinaHumor VítreoIdentificação de ProteínasMaldi-Tof/Tofmaster thesis201644622